Kadınlarda aylık hormonal değişimler şiddetli baş ağrısı nedenlerindendir, ya da baş ağrısını tetikleyen sebeplerdendir.
Bu baş ağrısının sebebi östrogen hormonu, luteinik hormon ve lüteotropik hormonların artmasına bağlıdır. Ancak sebep, kadın menstrüasyon döneminde fiziksel, metabolik sıvı dengesi ve psişik değişim içinde olması ve bu dönemde hormonların yükselmesine uyum göstermemesine bağlıdır.
Östrojen tuz tutulmasına sebep olur dolayısı ıle dokularda ve organlarda ödem ve şişlik oluşur; kadınlarda periyot öncesi bu şişlik ve ödem memelerde daha belirgindir. Ödem ve şişlik kafada olduğu zaman da baş ağrısı olur.
Diğer taraftan östrojen kan içinde fibrinleri artırır. Bu etki fibrinaz enzimini östrojen tarafından azalttığı içindir. Dolayısı ile fibrinin artmasına bağlı olarak kanın koagulasyonu artar, kan yoğunluğunun artması trombozis riskini artırır. Kanın damarlar içinde hareketini azaltır. Bu da baş ağrısına sebep olur.
Yukarıda ki sebeplerden dolayı kadınlar östrojen içerikli ilaçları kullanırken dikkat etmelidirler. Bu ilaçlara zaman zaman ara vererek kullanılmalıdır.
Aynı hormonal değişimi erkeklerde de değiştirecek olursak baş ağrılarının artması görülebilir.